Hi ha diverses eines validades per al diagnòstic de les persones amb autisme, com l'Escala d'Observació per al Diagnòstic de l'Autisme (ADOS) o l'ADI-R, una entrevista semiestructurada que es fa als progenitors per tenir informació sobre alguns aspectes del desenvolupament, sempre que la persona adulta hi estigui d'acord i hi hagi bons informadors. Les dues proves tenen validesa contrastada, però també tenen algunes limitacions, com la validesa en la població femenina o alguns biaixos culturals, i requereixen una  formació específica per poder passar-les.

També es poden utilitzar les escales autoadministrades, com el quocient d'espectre autista (AQ) o el coeficient d'empatia (EQ), sempre que la persona tingui un bon insight i no hi hagi dificultats greus en la comprensió. També pot ser d'utilitat fer un examen neuropsicològic i de funcionament intel·lectual per veure el perfil neuropsicològic, sobretot pel que fa a les funcions executives (planificació, flexibilitat cognitiva...) i l'adaptació, o per detectar possibles comorbiditats. 

Aquestes proves donen  informació al professional especialista per poder determinar el diagnòstic. L'elecció de les proves depèn del criteri clínic, perquè no totes són adequades o tenen la mateixa sensibilitat diagnòstica. És molt important fer una bona entrevista clínica, i que el o la professional estigui especialitzat en autisme, però que tingui també una bona formació en neurodesenvolupament i salut mental en general, per poder fer un diagnòstic diferencial.  

L'autisme és una condició multifactorial, que no està estrictament lligada només a la genètica, sinó també a variables ambientals. Es recomana l'anàlisi genètica davant de situacions en què la persona autista té discapacitat intel·lectual o quan hi ha una sospita sindròmica.