Existen diversas herramientas validadas para el diagnóstico de las personas con autismo, como la Escala de Observación para el Diagnóstico del Autismo (ADOS) o el ADI-R, una entrevista semiestructurada que se le hace a los progenitores para tener información sobre algunos aspectos del desarrollo, siempre que la persona adulta esté de acuerdo y haya buenos informadores. Ambas pruebas tienen validez contrastada, pero también tienen algunas limitaciones, como la validez en la población femenina o algunos sesgos culturales, y requieren formación específica para poder pasarlas.

También se pueden utilizar las escalas autoadministradas, como el cociente de espectro autista (AQ) o el coeficiente de empatía (EQ), siempre que la persona tenga un buen insight y no haya dificultades graves en la comprensión. También puede ser de utilidad hacer un examen neuropsicológico y de funcionamiento intelectual para ver el perfil neuropsicológico, sobre todo por lo que se refiere a las funciones ejecutivas (planificación, flexibilidad cognitiva...) y la adaptación, o para detectar posibles comorbilidades. 

Estas pruebas dan  información al profesional especialista para poder determinar el diagnóstico. La elección de las pruebas depende del criterio clínico, pues no todas son adecuadas o tienen la misma sensibilidad diagnóstica. Es muy importante hacer una buena entrevista clínica, y que el o la profesional esté especializado en autismo, pero que tenga también una buena formación en neurodesarrollo y salud mental en general, para poder hacer un diagnóstico diferencial.  

El autismo es una condición multifactorial, que no está estrictamente ligada solo a la genética, sino también a variables ambientales. Se recomienda el análisis genético ante situaciones donde la persona autista tiene discapacidad intelectual o hay una sospecha sindrómica.