La diversitat en identitat de gènere és un aspecte rellevant que hem de tenir en compte en les persones amb autisme. Les famílies d'aquestes persones poden mostrar-se confoses davant la verbalització d'una identitat diferent de l'assignada en néixer, i poden tenir dubtes respecte a quin és la millor manera d'acompanyar-les.

• Respectar la vivència subjectiva de la diversitat sexe-genèrica de la persona.
• Permetre la lliure exploració del gènere, concorde a l'etapa evolutiva de la persona, creant espais segurs per a fer-ho.
• Conceptualitzar la diversitat de gènere com un «espectre» de possibilitats i no com una qüestió binària (home o dona).
• Oferir informació clara sobre les diferències entre la identitat de gènere, l'expressió de gènere i l'orientació sexual; i desenvolupar una actitud positiva cap a les diferents opcions.
• Desenvolupar programes d'educació sexe-afectiu-genèrics adequats i adaptats a les diferents necessitats de les persones amb autisme, tenint en compte el seu nivell de funcionament.
• Utilitzar esquemes i material de suport visual, si cal, per facilitar la identificació de necessitats i la comprensió de les opcions terapèutiques i les seves implicacions.
• Respectar els temps per a l'exploració del gènere que cada persona necessita, en funció de les seves característiques i el nivell de maduresa. 
• Fomentar l'acompanyament respectuós en les famílies de la persona amb autisme i aprendre a conviure amb la incertesa al llarg del procés d'identificació de la persona.