La epilepsia es muy frecuente en personas con trastorno del espectro del autismo (la prevalencia varía del 2% al 46%, según las edades y los criterios diagnósticos utilizados). En la epilepsia el patrón de activación cerebral se muestra alterado y podemos ver un espectro de síntomas, que pueden ir desde momentos de desconexión que pueden pasar desapercibidos, a alteraciones leves en la conducta, sensaciones perceptivas, espasmos musculares y  convulsiones.